Handlung
In einer Zukunft, in der die globale Erwärmung den Großteil der Erde unter Wasser gesetzt hat, hat die fünfzehnjährige Waise Maia Mizuki gerade die Mittelschule abgeschlossen und bereits ihre Bewerbung bei der Ocean Agency eingereicht, einer paramilitärischen Eliteeinheit der Weltregierung. Nur die intelligentesten und körperlich fittesten Schüler werden aufgenommen, und Maia – die Protagonistin der Geschichte – ist bereit, eine von ihnen zu werden. Ihr ideales Leben löst sich schnell in Luft auf. Zu ihrem Entsetzen besteht Maia unerwartet die Aufnahmeprüfungen nicht. Die Lage verschlechtert sich, als sie aus ihrer Wohnung vertrieben wird, ihr Portemonnaie gestohlen wird, als Geisel genommen und dann angeschossen wird. Sie wird von zwei Frauen, Rena und Shizuka, „gerettet“, die zu einer unkonventionellen Organisation gehören, die Hilfe gegen Bezahlung anbietet – den Nereiden (benannt nach den griechischen Meeresnymphen). Da sie keine andere Wahl hat, schließt sich Maia den Nereiden an und übernimmt Aufträge – von der Festnahme gesuchter Verbrecher bis zur Verfolgung streunender Katzen – oft mit unvorhersehbaren Ergebnissen. Später werden auch Gloria und Yu Mitglieder der Nereiden. Der „Daphne“ im Titel bezieht sich auf einen Nebenstrang, der in der Mitte der Serie beginnt und schließlich für Maia bedeutsam wird. „Brilliant Blue“ beschreibt eine Welt, die fast vollständig von Wasser bedeckt ist, mit riesigen Ozeanen, einigen Inseln und schwimmenden Städten, die das Land ersetzen.