Handlung
Der Planet wird seit dreißig Jahren von einem brutalen Konflikt gegen die BETA verzehrt, einer außerirdischen Rasse, die 1973 einfiel. Inmitten dieses Aufruhrs erwacht der Oberschüler Takeru Shirogane aus einem furchtbaren Albtraum, der die vollständige Vernichtung der Menschheit darstellt. Bald entdeckt er, dass diese Visionen tatsächlich Erinnerungen aus einer alternativen Zeitlinie sind, in der das Alternative-V-Projekt umgesetzt wurde, das Hunderttausende ins All schoss, um die Spezies zu retten, während die Milliarden zurückgelassenen Seelen auf der Erde einem schrecklichen Ende überlassen wurden. Entschlossen, dieses düstere Ergebnis zu ändern, meldet sich Takeru bei einer Militäreinrichtung in Yokohama, die als seine ehemalige Schule dient. Er überzeugt Professor Yuuko Kouzuki, die Vizekommandantin und Direktorin des Alternative-IV-Projekts, das Alternative-V-Szenario abzuwenden. Um den Erfolg von Alternative IV zu gewährleisten, muss Takeru zusammen mit seinen Kameraden massive humanoide Tactical Surface Fighters (TSF) steuern. Mit nur zwei Monaten Zeit, um seine Ausbildung abzuschließen und seine begrenzte Voraussicht zu nutzen, muss er die bevorstehende Katastrophe verhindern.
Hintergrund
Muv-Luv Alternative adaptiert die ersten sechs Kapitel der gleichnamigen Visual Novel, die der dritte und letzte Teil der Muv-Luv-Trilogie ist.