Handlung
Giovanni, der Anführer von Team Rocket, findet Mewtwo in einem abgelegenen Teil der Johto-Region. Als er versucht, Mewtwo wieder einzufangen, werden Ash und seine Freunde von Domino, einem neuen Mitglied von Team Rocket, entführt, während sie versuchen, Pikachu aus den Fängen von Jessie und James zu retten. Die Klon-Pokémon werden ebenfalls ergriffen und als Köder benutzt, um Mewtwo anzulocken. Es folgt ein Zusammenprall der Willen zwischen Mewtwo und Giovanni, wobei Mewtwo auch darum ringt zu verstehen, ob es und die Klone trotz ihrer Erschaffung durch die Wissenschaft einen Sinn in ihrer Existenz haben.