Handlung
Als zweiter Teil der Virtual Trilogy, die Anime und Realfilmaufnahmen kombiniert, dreht sich die Geschichte um Virtual Station, ein Labor, das sich der DNA-Forschung widmet. Durch die Kombination uralter genetischer Elemente rekonstruiert die Einrichtung virtuell die Vergangenheit. Yui, Gene Diver, begibt sich in dieses digitale prähistorische Zeitalter, um die DNA ausgestorbener Kreaturen zu bergen. Während eines Wartungszyklus ereignet sich jedoch ein Unfall: Statt in die Realität zurückzukehren, wird Yui in eine neue virtuelle Gegenwart versetzt, die von einem instabilen System erzeugt wird. In diesem alternativen Zeitstrahl hat sich eine intelligente, von Nagetieren abstammende Spezies namens Puglaistig entwickelt. Da sie die Menschheit als ernsthafte Bedrohung betrachten, versuchen sie, die menschliche Evolution um jeden Preis aufzuhalten.