セーラームーンRにおいて、月野うさぎと他のセーラー戦士たちは、再び宇宙の均衡を守るために召喚されるまでの静かな時期を過ごす。セーラームーンとしてうさぎは、そのグループを率いて、外宇宙からの新たな脅威に対峙する。それは、異星の種族の最後の2人、アンとアイルである。これらの敵対者は、人間の生命力を吸い取ることで、自らの命を繋ぐ魔界樹を維持しようとする。セーラー戦士たちは、地球を救うために介入しなければならない。
この脅威が終息した直後、別の危険が現れる。未来からの少女が、家族を救うためにセーラームーンの力を必要としていた。同時に、ブラックムーン一族が、その力を悪意ある目的のために追っていた。世界を護り、宇宙の調和を保つために、セーラームーンとその仲間たちは、これらの敵対者と対峙し、彼らの悪しき企てを阻止しなければならない。