A invasão de seres extraterrestres conhecidos como Amanto mergulhou o Japão feudal dos samurais em um estado de ruína e desesperança. Despojados de suas armas e status social, eles são recebidos com desprezo e abandono enquanto os Amanto dominam a nação sem piedade. Numa tentativa de restaurar a honra dos samurais, Kotarou Katsura, líder da Facção Anti-Estrangeiros, jura eliminar os Amanto, mesmo que isso exija o uso de violência extrema. Utilizando um enorme mecha, ele se prepara para lançar um ataque contra a Shinsengumi, um grupo de samurais de elite que juraram manter a ordem em Edo. Ao mesmo tempo, Gintoki Sakata e seus companheiros da Yorozuya saem para apreciar as flores de cerejeira, apenas para serem confrontados pela Shinsengumi, que acusam Gintoki de ter ocupado seu local preferido para observar as flores. A disputa rapidamente se transforma em uma briga caótica, e as duas facções acabam resolvendo o conflito com um jogo de pedra-papel-tesoura de altas apostas, que envolve táticas surpreendentemente selvagens.