Synopsis
Située après le quatrième film, l'histoire suit Keisuke Amano, 11 ans, le frère cadet de Natsume ; tous deux sont les enfants de Keita Amano et Fumika Kodama de la série originale Youkai Watch. Keisuke est sceptique envers tout ce qui est surnaturel. Cependant, lorsqu'il remarque que sa sœur rentre souvent tard à la maison, il la suit et découvre qu'elle exorcise des Youkai maléfiques avec ses amis Touma et Akinori, et qu'ils dirigent également une agence de détectives Yo-Kai. Une fois qu'il apprend la vérité, Natsume l'autorise à les rejoindre dans leur travail, résolvant des crimes liés aux Youkai et combattant des Youkai malveillants pour protéger la ville.