A história se desenrola em Iwado, uma ilha remota em Okinawa onde um movimento crescente clama pelo retorno ao autogoverno. Ao Fukai, um menino de doze anos cujo pai está ausente, reside lá com um médico idoso chamado Toshio e está prestes a começar o ensino fundamental. Há uma década, pessoas desconhecidas levaram a mãe de Ao embora. Naru Arata, a amiga de infância de doze anos de Ao e heroína da história, vive com seu pai, irmã mais velha e avó. Um incidente em sua juventude despertou dentro dela um poder chamado 'Yuta'. De repente, uma entidade misteriosa conhecida como 'Secret' aparece e ataca a forma de vida Scub Coral na ilha. Movido por um desejo feroz de proteger Iwado, Ao lança um certo FP militar chamado 'Nirvash' a bordo de um transporte militar japonês.