Durante los últimos tres años, la Escuela Secundaria Teikou ha dominado el panorama nacional del baloncesto gracias a su legendaria alineación, la "Generation of Miracles". Este grupo estaba formado por cinco prodigios excepcionales en el deporte, aunque un "Phantom Sixth Man" permanecía oculto en las sombras, facilitando que el equipo alcanzara su estatus venerado. Eventualmente, el crecimiento desmedido de estos talentos les hizo perder el disfrute del juego que amaban, lo que los llevó a separarse al entrar a la preparatoria.
En su búsqueda de nuevos integrantes, el equipo de baloncesto de la Preparatoria Seirin recluta a Taiga Kagami y Tetsuya Kuroko, dos estudiantes de primer año que aparentan tener habilidades muy distintas. Recién llegado de Estados Unidos, Kagami posee una aptitud natural y un amor inquebrantable por el deporte. Por su parte, Kuroko carece de presencia y no demuestra un talento atlético sobresaliente. No obstante, pronto se revela que él es el Phantom Sixth Man de Teikou, el jugador que alguna vez formó parte de la Generation of Miracles.
Kuroko desea demostrar al equipo de Seirin que posee fuerza a su manera. Al percibir su convicción, Kagami establece una asociación dinámica con Kuroko, quien promete apoyar la "luz" de Kagami actuando como su "sombra". Juntos con sus nuevos compañeros de Seirin, se proponen conquistar el próximo campeonato Interhigh, aunque la reaparición de los antiguos compañeros de Kuroko complica sus planes.