残忍な殺人、軽微な犯罪、無意味な暴力に悩まされる世界において、死神の領域は単調な賭博の楽園として存在している。夜神月は優秀な17歳の日本人学生であり、退屈した死神リュークは、それぞれの世界に欠陥を感じている。暇つぶしを求めて、リュークは自分のデスノートを人間界に落とし、それをライトが発見する。ライトは当初、ノートの最初のルール——名前を書かれた人間は死ぬ——を馬鹿げていると退けるが、誘惑に抗えない。彼は犯罪者の名前を書き、その人物の死を成功させる。この計り知れない力に畏敬の念を抱き、ライトはキラという偽名を名乗り、正義の名の下に全ての犯罪者を根絶するための十字軍を開始する。彼の行動は、几帳面で天才的な探偵エルの注意を引き、エルはキラの追跡を開始する。ライトの知性がエルに匹敵するにつれ、争いは命をかけた知恵の戦いへと発展し、唯一可能な結末はどちらかの死である。